Si ya está vencido, no hay mucho que hacer al respecto. Sólo contabilizar como  pérdida, ya que para efectos tributarios el gasto fue rebajado con el pago de la correspondiente factura al proveedor (supongo que eres 14D).  En cambio si tu empresa es régimen 14A, en ese caso sí que te conviene acreditar la pérdida con fotos y certificados sanitarios o cualquier medio de prueba, pues de lo contrario podría quedarte como faltante de inventario. Revisa el oficio 1440 de 2011.

También revisa circular 60 de 2018 y 53 de 2020 , en caso de que tengas mercadería fallada o POR VENCER.